آیا خطاهای پنهان، تحقیقات پیشگامانه تک‌سلولی شما را گمراه می‌کنند؟

در دنیای هیجان‌انگیز داده‌های تک‌سلولی (Single-Cell Omics)، مقایسه نتایج آزمایشگاهی مختلف (Batch) اغلب با یک مشکل جدی روبرو است: اثرات دسته‌ای (Batch Effects). این خطاها می‌توانند کل نتایج را تحت‌الشعاع قرار دهند.

مشکل: اثرات دسته‌ای نادیده گرفته شده 

• در بسیاری از پژوهش‌های تک‌سلولی، دانشمندان تلاش می‌کنند تا سلول‌ها را بین دسته‌های مختلف (مثلاً آزمایش‌های انجام شده در روزهای متفاوت یا توسط افراد مختلف) هم‌راستا کنند.
• اما این روش‌های موجود اغلب یک نکته کلیدی را فراموش می‌کنند: اثرات دسته‌ای در سطح ژن‌ها نیز رخ می‌دهد.
• این اثرات باعث می‌شوند که مقایسه و ادغام داده‌های چندگانه عملاً غیرممکن شود.

معرفی GTE: ابزاری برای سنجش دقیق 

• پژوهشگران یک معیار کمی جدید به نام GTE (Group Technical Effects) را معرفی کرده‌اند.
• GTE ابزاری است که برای اولین بار، اثرات دسته‌ای را به صورت تک به تک بر روی هر ژن ارزیابی می‌کند.
• کشف مهم: اثرات دسته‌ای به صورت نامتوازن بر ژن‌ها تأثیر می‌گذارد.

کشف ژن‌های حساس: کانون اصلی خطا 

• با استفاده از GTE، محققان دو گروه ژنی را شناسایی کردند:
  1. HBGs (ژن‌های بسیار حساس به دسته): این ژن‌ها به شدت تحت تأثیر تفاوت‌های دسته‌ای قرار می‌گیرند، اغلب بین مجموعه‌داده‌ها فرق می‌کنند و کانون اصلی ایجاد خطا هستند.
  2. غیر-HBGs: این ژن‌ها پایداری بالایی داشته و اثرات دسته‌ای کمی نشان می‌دهند.
• نکته شگفت‌انگیز: تنها سه ژن از نوع HBG برای ایجاد یک اثر دسته‌ای قابل توجه در کل داده‌ها کافی است!

مزایای روش GTE 

• سنجش جامع: GTE نه تنها اثرات دسته‌ای در سطح ژن را می‌سنجد، بلکه در سنجش اثرات در سطح سلول نیز از روش‌های موجود بهتر عمل می‌کند.
• راهنمای ادغام داده‌ها: مشاهده شده است که سلول‌های بیولوژیکی مشابه، اثرات دسته‌ای مشابهی را تجربه می‌کنند. این نکته برای توسعه استراتژی‌های جدید و هوشمند برای ادغام داده‌ها، حیاتی است.
• قابلیت انعطاف: متد GTE به انواع مختلف داده‌های تک‌سلولی اُمیکس (مانند داده‌های پروتئینی یا کروماتینی) قابل اعمال است.

منبع:

Quantifying batch effects for individual genes in single-cell data

از سنجش دقت تا ویرایش دقیق ژن 

این پژوهش بر یک نکته محوری تأکید می‌کند: سنجش دقیق خطاهای تکنیکی برای رسیدن به نتایج معتبر علمی ضروری است. در دنیای ژنومیک، ابزارهای شما باید به همان اندازه دقیق باشند که روش‌های تحلیلی شما (مانند GTE) دقیق هستند.

تخصص و اعتبار ما در ارائه کیت‌ها و خدمات ژنتیکی، تضمین‌کننده این دقت است.

• برای تأیید عملکردی ژن‌های حساس (HBGs) یا اصلاح جهش‌های خاص، به ابزار ویرایش ژن کریسپر  نیاز دارید.

برای انجام دقیق‌ترین تحلیل‌ها و دستکاری‌های ژنتیکی، همین حالا از خدمات ویرایش ژن CRISPR و کیت‌های تخصصی ما دیدن کنید و از اعتبار داده‌های خود مطمئن شوید.