اگر پلتفرمهای خودکار پروژه شما را نیمهکاره رها کنند، آیا وقت، بودجه و دادههایتان هم هدر میروند؟ یا ابزاری دارید که کنترل کامل دوباره به دستتان برگردد؟»
بررسی یک پلتفرم پیشگام: مهندسی خودکار پروتئین، نگاهی به آینده بیوتکنولوژی
اخیراً، یک پلتفرم خودکار برای مهندسی آنزیم معرفی شده که با هدف سادهسازی فرایندهای پیچیده مهندسی پروتئین، توجه جامعه علمی را به خود جلب کرده است. این پلتفرم با رویکردی سیستماتیک، تنها توالی یک پروتئین را به عنوان ورودی میپذیرد و بدون نیاز به تصمیمگیریهای انسانی یا دانش تخصصی عمیق، کمپینهای مهندسی را اجرا میکند.
این سیستم با استفاده از ابزارهای هوش مصنوعی پیشرفته، اکتشافات کارآمدی را در فضای گسترده و چندبعدی پروتئینها ممکن ساخته است. این رویکرد، پاسخی به محدودیتهای روشهای پیشین مبتنی بر بهینهسازی بیزی است که معمولاً به فضاهای جستجوی محدود ختم میشدند. برای اثبات کارایی، این پلتفرم بر روی دو مطالعه موردی جامع، AtHMT و YmPhytase، آزمایش شده است. با شروع از تنها توالیهای وحشی، این سیستم در چهار چرخه تکراری، واریانتهایی با بهبود ۱۶ برابری برای AtHMT و ۲۶ برابری برای YmPhytase شناسایی کرده است. این نتایج نه تنها رکورد بهترین جهشهای قبلی شناسایی شده برای این آنزیمها را شکسته، بلکه توانایی پلتفرم در شناسایی جهشهای بسیار فعال را به اثبات رسانده است.
محدودیتهای فنی و چالشهای عملیاتی
با وجود نتایج امیدوارکننده، این پلتفرم محدودیتهای فنی خود را دارد که برای هر محقق و متخصص بیوتکنولوژی حائز اهمیت است. در بخش محاسباتی، استفاده از مدلهایی مانند ESM-2 و EVmutation برای پیشبینی اولیه واریانتها، با چالشهایی روبرو است. ESM-2 ممکن است برای همه پروتئینها مناسب نباشد و EVmutation به وجود توالیهای همولوگ وابسته است. این وابستگیها میتواند منجر به تولید کتابخانههای واریانت با عملکرد ضعیف شود.
مهمتر از آن، روش جهشزایی گام به گام (stepwise) که از PCR و HiFi Assembly استفاده میکند، دارای محدودیتهایی در ایجاد جهشهای متعدد در رزیدوهای مجاور (adjacent residues) است. این امر، اجرای همزمان چندین جهش در یک مکان نزدیک را دشوار میسازد و ممکن است به طراحی و خرید پرایمرهای جدید برای هر جهش نیاز داشته باشد. همچنین، توالیهای با محتوای GC بالا میتوانند فرآیند PCR و اسمبل کردن (assembly) را با مشکل مواجه کنند.
منبع : A generalized platform for artificial intelligence-powered autonomous enzyme engineering
یک راهکار در دستان شما: انعطافپذیری و دقت با کیتهای کریسپر
در حالی که پلتفرمهای خودکار در حال تکامل هستند، چالشهای فنی آنها نشان میدهد که کنترل و انعطافپذیری در سطح آزمایشگاهی همچنان حیاتی است. در اینجاست که ابزارهای قدرتمند و دقیق، مانند کیت کریسپر (CRISPR) ما، نقش کلیدی ایفا میکنند.
کیت کریسپر ما به شما این امکان را میدهد که به طور دقیق و همزمان، جهشهای مورد نظر خود را در منطقه ی مورد نظر خود ایجاد کنید. این کیت با رفع موانع ، به شما در صرفه جویی زمان کمک خواهد کرد .
کیتهای ما، راهکاری دقیق و قابل اعتماد برای مهندسی ژنوم و پروتئین هستند، که در پروژههای تحقیقاتی شما، کارایی، دقت و تکرارپذیری را تضمین میکنند.
تیم ما متشکل از پژوهشگران با سابقه در مهندسی ژنوم است و آمادهایم تجربهی خود را در کنار کیتهای CRISPR پیشرفته در اختیار شما قرار دهیم. برای اطلاعات بیشتر درباره کیتهای کریسپر ما و کاربردهای آنها در تحقیقات خود و دریافت مشاوره ، با ما تماس بگیرید.