ترایزول در مقابل سایر روشهای استخراج RNA
در کنار روش مبتنی بر ترایزول، چندین تکنیک دیگر برای استخراج RNA وجود دارد که هر یک مزایا و معایب خاص خود را دارند. انتخاب روش مناسب بستگی به نوع نمونه، میزان RNA مورد نیاز، کاربرد نهایی و امکانات آزمایشگاه دارد. در اینجا، ترایزول را با دو دسته اصلی دیگر از روشهای استخراج RNA مقایسه میکنیم:
۱. روشهای مبتنی بر ستون (Column-based Methods)
روشهای مبتنی بر ستون، که به نام “کیتهای استخراج RNA” نیز شناخته میشوند، بسیار محبوب و پرکاربرد هستند. این کیتها معمولاً از یک غشای سیلیکا (silica membrane) استفاده میکنند که RNA در حضور نمکهای چائوتروپیک (chaotropic salts) به آن متصل میشود.
مزایای روشهای مبتنی بر ستون:
سرعت و سادگی: این کیتها معمولاً مراحل کمتری دارند و فرآیند جداسازی سریعتر است.
ایمنی بالاتر: خطر مواجهه با فنول و کلروفرم (که سمی هستند) در این روشها وجود ندارد یا بسیار کمتر است.
خودکارسازی آسانتر: برخی از این کیتها برای سیستمهای خودکار با توان عملیاتی بالا (High-throughput automation) طراحی شدهاند.
خطر آلودگی کمتر: به دلیل وجود ستون و مراحل شستشو بافر، خطر آلودگی متقاطع (cross-contamination) کاهش مییابد.
معایب روشهای مبتنی بر ستون:
هزینه بالاتر: کیتها معمولاً گرانتر از ترایزول هستند.
خروجی کمتر (گاهی): ممکن است در مقایسه با ترایزول، میزان RNA استخراج شده از نمونههای کوچک یا رقیق کمتر باشد.
خطر آلودگی DNA (گاهی): اگرچه اکثر کیتها دارای مراحل حذف DNA هستند، اما در برخی موارد ممکن است مقدار کمی DNA ژنومی باقی بماند که نیاز به تیمار DNase دارد.
خطر از دست رفتن RNAهای کوچک: RNAهای کوچک (مانند miRNAها) ممکن است به خوبی به ستونها متصل نشوند یا در مراحل شستشو از دست بروند.
۲. روشهای مبتنی بر مهرههای مغناطیسی (Magnetic Bead-based Methods)
این روشها از مهرههای مغناطیسی پوشیده شده با سیلیکا یا سایر مواد جاذب RNA استفاده میکنند. RNA در حضور نمکهای چائوتروپیک به مهرهها متصل میشود و سپس با استفاده از میدان مغناطیسی، مهرهها جدا شده و شستشو داده میشوند.
مزایای روشهای مبتنی بر مهرههای مغناطیسی:
بسیار قابل خودکارسازی: این روشها بهترین گزینه برای خودکارسازی با توان عملیاتی بسیار بالا هستند.
بدون نیاز به سانتریفیوژ: جداسازی مهرهها با میدان مغناطیسی انجام میشود که سریعتر و سادهتر است.
مقیاسپذیری بالا: مناسب برای استخراج RNA از تعداد بسیار زیاد نمونه.
معایب روشهای مبتنی بر مهرههای مغناطیسی:
هزینه بسیار بالا: گرانترین روش در بین گزینههای موجود است.
نیاز به تجهیزات خاص: نیاز به دستگاههای مغناطیسی خاص و رباتیک.
خطر از دست رفتن RNAهای کوچک: مشابه روشهای ستونی، ممکن است RNAهای کوچک به خوبی حفظ نشوند.
۳. ترایزول در مقایسه با سایر روشها
با توجه به مقایسه بالا، ترایزول دارای مزایای رقابتی است که آن را در بسیاری از سناریوها به یک انتخاب برتر تبدیل میکند:
کیفیت و خلوص RNA: ترایزول به طور کلی RNA با کیفیت بسیار بالا، یکپارچگی عالی و آلودگی DNA و پروتئین بسیار کمتری را تولید میکند. این به دلیل دناتوره کردن سریع و کامل RNaseها و جداسازی مؤثر فازها است.
حفظ RNAهای کوچک: بر خلاف بسیاری از کیتهای مبتنی بر ستون، ترایزول در حفظ RNAهای کوچک (small RNAs) مانند miRNAها بسیار مؤثر است، که برای مطالعات تنظیم ژن بسیار مهم است.
مقرون به صرفه بودن: ترایزول از نظر هزینه مواد مصرفی بسیار ارزانتر از کیتهای تجاری است. این امر آن را برای آزمایشگاههایی با بودجه محدود یا برای استخراج تعداد زیادی نمونه به صرفه میکند.
مناسب برای انواع نمونهها: ترایزول را میتوان با موفقیت بر روی طیف وسیعی از نمونهها از جمله بافتهای گیاهی و حیوانی، سلولهای کشت شده، باکتریها، ویروسها و حتی نمونههای بالینی استفاده کرد.
با این حال، باید در نظر داشت که استفاده از ترایزول نیاز به دقت و مهارت بیشتری دارد و شامل کار با مواد شیمیایی سمی است که نیاز به تهویه مناسب و رعایت ایمنی بالا دارد.
بهترین موارد استفاده از ترایزول: چه زمانی ترایزول بهترین گزینه است؟
با توجه به مزایا و معایب ترایزول در مقایسه با سایر روشها، میتوانیم بهترین سناریوهایی را که ترایزول در آنها گزینه برتر است، شناسایی کنیم:
۱. استخراج RNA با کیفیت بالا از نمونههای چالشبرانگیز
ترایزول به دلیل توانایی بینظیرش در دناتوره کردن فوری RNaseها و پروتئینها، گزینهای ایدهآل برای استخراج RNA از نمونههایی است که به شدت غنی از RNase هستند یا حاوی مقدار زیادی پروتئین و لیپید میباشند. این نمونهها شامل:
بافتهای حیوانی تازه یا منجمد: به خصوص بافتهایی مانند کبد، کلیه، پانکراس و طحال که دارای سطوح بالای RNase هستند.
سلولهای کشت شده در مقیاس بزرگ: زمانی که نیاز به استخراج RNA از تعداد زیادی سلول یا مقادیر زیاد RNA است.
نمونههای گیاهی: به دلیل وجود پلیساکاریدها و فنولیکها که میتوانند در استخراج RNA اختلال ایجاد کنند، ترایزول اغلب ترجیح داده میشود.
نمونههای بالینی: مانند نمونههای بیوپسی بافت یا نمونههای خون که باید RNA آنها با دقت و خلوص بالا استخراج شود.
۲. مطالعات RNAهای کوچک (miRNAs و piRNAs)
اگر هدف مطالعه RNAهای کوچک (مانند میکروRNAها یا piRNAها) باشد، ترایزول به دلیل تواناییاش در حفظ این RNAهای کمحجم، اغلب به کیتهای مبتنی بر ستون ترجیح داده میشود. بسیاری از کیتها ممکن است در مراحل شستشو یا اتصال، RNAهای کوچک را از دست بدهند، در حالی که ترایزول به طور مؤثر تمام اندازههای RNA را رسوب میدهد.
۳. تحقیقاتی با بودجه محدود
برای آزمایشگاههایی با بودجههای تحقیقاتی محدود، ترایزول یک جایگزین اقتصادی برای کیتهای تجاری گرانقیمت ارائه میدهد. با خرید مواد اولیه به صورت عمده، هزینه استخراج RNA به طور قابل توجهی کاهش مییابد، بدون اینکه کیفیت نهایی RNA به خطر بیفتد.
۴. نیاز به RNA با یکپارچگی عالی برای کاربردهای حساس
در کاربردهای پاییندستی که به RNA با یکپارچگی بسیار بالا نیاز دارند (مانند نورترن بلاتینگ، کتابخانهسازی برای توالییابی نسل بعد (NGS) یا برخی از انواع RT-PCR حساس)، ترایزول به دلیل تواناییاش در محافظت از RNA در برابر تخریب، گزینه ارجح است. شاخص یکپارچگی RNA (RIN) که با دستگاههایی مانند Bioanalyzer اندازهگیری میشود، معمولاً در RNA استخراج شده با ترایزول بسیار بالا است.
۵. زمانی که آلودگی DNA باید حداقل باشد
اگرچه هیچ روشی نمیتواند به طور کامل حذف DNA را تضمین کند، اما جداسازی فازها در ترایزول به گونهای است که اکثر DNA ژنومی به فاز آلی یا بینابینی منتقل میشود. این امر به کاهش آلودگی DNA در فاز آبی حاوی RNA کمک میکند، هرچند برای کاربردهای بسیار حساس (مانند qRT-PCR)، همچنان توصیه میشود RNA با DNase تیمار شود.
در مجموع، انتخاب ترایزول یک تصمیم هوشمندانه برای محققانی است که به دنبال یک روش قدرتمند، اقتصادی و قابل اعتماد برای استخراج RNA با کیفیت بالا از طیف وسیعی از نمونهها هستند، به خصوص زمانی که یکپارچگی RNA و حفظ RNAهای کوچک از اهمیت بالایی برخوردار است. با این حال، رعایت دقیق پروتکل و اقدامات ایمنی ضروری است.
برای مشاهده ی محصول ترایزول شرکت زاور زیست آزما اینجا کلیک کنید.